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水利工程研究所，创立于2003年“水利水电工程”硕士点设立之初，成员主体为水文与水资源工程系教师构成。前任所长先后为卢文喜教授和杜新强教授，自2024年10月起，由冯右骖副教授担任。
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水利工程研究所致力于满足水资源、水环境与水生态协同开发利用与保护的国家和地区战略需求，通过产学研一体化模式，探究水资源、水环境和水生态的成因与演变，解决地表水与地下水交互联动的复杂科学问题，支持自然资源开发、生态环境保护及工程建设。具体研究方向如下：
（1）水文过程与气候应对：针对气候变化和人类活动影响，研究气候-水文-生态互动机制，基于遥感及AI创新技术，聚焦水文与水动力机理，提升水旱等复合灾害过程理解与工程应对能力。
（2）水污染智能防控：基于大系统多目标优化理论，依托大数据及AI技术，研究地表水-地下水合理配置、水量水质联合调控所需的科学依据，实现预警、溯源、响应及决策的智能化管控体系。
（3）水环境保护与水生态安全：探讨水环境变化与生态系统演变的内在关联，开展水生态环境保护与修复、水资源与水生态环境综合规划、水利工程环境效应评估的相关研究。
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水利工程研究所同时致力于推动水科学领域的国际交流与合作，先后组织了中、日、韩三国大学及研究所间的师生互访，并作为发起组织，每年负责筹办中日韩水科学论坛（//tri-waters.com/），为三国及相邻亚洲国家在水科学领域的交流与沟通提供支持。
